EigenFunctions.H

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/*---------------------------------------------------------------------------*\
     ██╗████████╗██╗  ██╗ █████╗  ██████╗ █████╗       ███████╗██╗   ██╗
     ██║╚══██╔══╝██║  ██║██╔══██╗██╔════╝██╔══██╗      ██╔════╝██║   ██║
     ██║   ██║   ███████║███████║██║     ███████║█████╗█████╗  ██║   ██║
     ██║   ██║   ██╔══██║██╔══██║██║     ██╔══██║╚════╝██╔══╝  ╚██╗ ██╔╝
     ██║   ██║   ██║  ██║██║  ██║╚██████╗██║  ██║      ██║      ╚████╔╝
     ╚═╝   ╚═╝   ╚═╝  ╚═╝╚═╝  ╚═╝ ╚═════╝╚═╝  ╚═╝      ╚═╝       ╚═══╝
 
 * In real Time Highly Advanced Computational Applications for Finite Volumes
 * Copyright (C) 2017 by the ITHACA-FV authors
-------------------------------------------------------------------------------
License
    This file is part of ITHACA-FV
    ITHACA-FV is free software: you can redistribute it and/or modify
    it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published by
    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
    (at your option) any later version.
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    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
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    GNU Lesser General Public License for more details.
    You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
    along with ITHACA-FV. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
Class
    EigenFunctions
Description
    Set of routines to manipulate Eigen c++ objects
SourceFiles
    EigenFunctions.C
\*---------------------------------------------------------------------------*/

 
#ifndef EigenFunctions_H
#define EigenFunctions_H
#include <mutex>
#pragma GCC diagnostic push
#pragma GCC diagnostic ignored "-Wold-style-cast"
#include <Eigen/Eigen>
#include <unsupported/Eigen/SparseExtra>
#include <unsupported/Eigen/CXX11/Tensor>
#pragma GCC diagnostic pop
#include "fvCFD.H"
 
 
// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
 
 
/*---------------------------------------------------------------------------*\
                    Namespace EigenFunctions Declaration
\*---------------------------------------------------------------------------*/
 

namespace EigenFunctions
{
//--------------------------------------------------------------------------
template <typename T>
Eigen::SparseMatrix<T> vectorize(Eigen::SparseMatrix<T>& Matrix);
 
//--------------------------------------------------------------------------
template <typename T>
T max(Eigen::SparseMatrix<T>& mat, label& ind_row, label& ind_col);
 
//--------------------------------------------------------------------------
template <typename T>
T min(Eigen::SparseMatrix<T>& mat, label& ind_row, label& ind_col);
 
//--------------------------------------------------------------------------
void sortEigenvalues(Eigen::VectorXd& eigenvalues,
                     Eigen::MatrixXd& eigenvectors);
 
//--------------------------------------------------------------------------
template <typename T>
Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> innerProduct(
    List <Eigen::SparseMatrix<T >>& A, List <Eigen::SparseMatrix<T >>& B);
 
//--------------------------------------------------------------------------
template <typename T>
Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> innerProduct(
    List <Eigen::SparseMatrix<T >>& A, Eigen::SparseMatrix<T>& B);
 
//--------------------------------------------------------------------------
template <typename T>
T innerProduct(Eigen::SparseMatrix<T>& A, Eigen::SparseMatrix<T>& B);
 
//--------------------------------------------------------------------------
template <typename T>
Eigen::SparseMatrix<T> MVproduct(List<Eigen::SparseMatrix<T >>& A,
                                 Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic >>& C);
 
//--------------------------------------------------------------------------
template <typename T>
Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> MVproduct(
    const std::vector< Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic >>& A,
    Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic >>& C);
 
//--------------------------------------------------------------------------
template <typename T>
List<Eigen::SparseMatrix<T >> MMproduct(List<Eigen::SparseMatrix<T >>& A,
                                        Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic >>& C);
 
//--------------------------------------------------------------------------
template <typename T>
T condNumber(Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic>& A);
 
//--------------------------------------------------------------------------
Eigen::VectorXd ExpSpaced(double first, double last, int n);
 
//--------------------------------------------------------------------------
template <typename T>
Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> vectorTensorProduct(
    const Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, 1>& g,
    const Eigen::Tensor<T, 3 >& c,
    const Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, 1>& a);
 
 
//------------------------------------------------------------------------------
Eigen::VectorXd repeatElements(Eigen::VectorXd input, int n);
 
//------------------------------------------------------------------------------
Eigen::VectorXd reorderVectorFromDim(Eigen::VectorXd input, int dim);
 
};
 
template <typename T>
Eigen::SparseMatrix<T> EigenFunctions::vectorize(Eigen::SparseMatrix<T>&
        Matrix)
{
    typedef Eigen::Triplet<double> Trip;
    std::vector<Trip> tripletList;
    tripletList.reserve(Matrix.nonZeros());
    Eigen::SparseMatrix<T> vec;
    vec.resize(1, Matrix.size());
    vec.reserve(Matrix.nonZeros());
 
    for (label k = 0; k < Matrix.outerSize(); ++k)
    {
        for (Eigen::SparseMatrix<double>::InnerIterator it(Matrix, k); it; ++it)
        {
            tripletList.push_back(Trip(0, it.row() + it.col() * Matrix.rows(), it.value()));
        }
    }
 
    vec.setFromTriplets(tripletList.begin(), tripletList.end());
}
 
template <typename T>
T EigenFunctions::max(Eigen::SparseMatrix<T>& mat, label& ind_row,
                      label& ind_col)
{
    label i = 0;
    T max = 0;
 
    for (label k = 0; k < mat.outerSize(); ++k)
    {
        for (typename Eigen::SparseMatrix<T>::InnerIterator it(mat, k); it; ++it)
        {
            if (max < it.value() || i == 0)
            {
                max = it.value();
                ind_row = it.row();
                ind_col = it.col();
                i++;
            }
        }
    }
 
    return max;
}
 
template <typename T>
T EigenFunctions::min(Eigen::SparseMatrix<T>& mat, label& ind_row,
                      label& ind_col)
{
    label i = 0;
    T min = 0;
 
    for (label k = 0; k < mat.outerSize(); ++k)
    {
        for (typename Eigen::SparseMatrix<T>::InnerIterator it(mat, k); it; ++it)
        {
            if (min > it.value() || i == 0)
            {
                min = it.value();
                ind_row = it.row();
                ind_col = it.col();
                i++;
            }
        }
    }
 
    return min;
}
 
template <typename T>
Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> EigenFunctions::innerProduct(
    List <Eigen::SparseMatrix<T >>& A, List <Eigen::SparseMatrix<T >>& B)
{
    label rows = A.size();
    label cols = B.size();
    Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> out;
    out.resize(rows, cols);
 
    for (label i = 0; i < rows; i++)
    {
        for (label j = 0; j < cols; j++)
        {
            out(i, j) = innerProduct(A[i], B[j]);
        }
    }
 
    return out;
}
 
template <typename T>
Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> EigenFunctions::innerProduct(
    List<Eigen::SparseMatrix<T >>& A, Eigen::SparseMatrix<T>& B)
{
    label rows = A.size();
    label cols = 1;
    Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> out;
    out.resize(rows, cols);
 
    for (label i = 0; i < rows; i++)
    {
        out(i, 0) = innerProduct(A[i], B);
    }
 
    return out;
}
 
template <typename T>
T EigenFunctions::innerProduct(Eigen::SparseMatrix<T>& A,
                               Eigen::SparseMatrix<T>& B)
{
    T res = 0;
 
    for (label k = 0; k < A.cols(); k++)
    {
        res += A.col(k).dot(B.col(k));
    }
 
    return res;
}
 
template <typename T>
Eigen::SparseMatrix<T> EigenFunctions::MVproduct(List<Eigen::SparseMatrix<T >>&
        A
        , Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic >>& C)
{
    Eigen::SparseMatrix<T> out;
    out = A[0] * C(0);
 
    for (label i = 1; i < A.size(); i++)
    {
        out += A[i] * C(i);
    }
 
    return out;
}
 
template <typename T>
Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> EigenFunctions::MVproduct(
    const std::vector< Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic >>& A,
    Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic >>& C)
{
    Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> out;
    out = A[0] * C(0);
 
    for (label i = 1; i < A.size(); i++)
    {
        out += A[i] * C(i);
    }
 
    return out;
}
 
 
 
template <typename T>
List<Eigen::SparseMatrix<T >> EigenFunctions::MMproduct(
    List<Eigen::SparseMatrix<T >>& A,
    Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic >>& C)
{
    List<Eigen::SparseMatrix<T >> out;
    out.resize(C.cols());
    Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> col;
 
    for (label i = 0; i < C.cols(); i++)
    {
        col = C.col(i);
        out[i] = MVproduct(A, col);
    }
 
    return out;
}
 
template <typename T>
T EigenFunctions::condNumber(Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic>&
                             A)
{
    Eigen::JacobiSVD<Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic >> svd(A);
    T cond = svd.singularValues()(0) / svd.singularValues()(
                 svd.singularValues().size() - 1);
    return cond;
}
 
// Additional Eigen Functions
namespace Eigen
{
using namespace Eigen;
 
template<typename VectorType>
bool saveMarketVector (const VectorType & vec, const std::string & filename,
                       label prec, std::_Ios_Fmtflags outytpe = std::ios_base::scientific)
{
    typedef typename VectorType::Scalar Scalar;
    std::ofstream out(filename.c_str(), std::ios::out);
 
    if (!out)
    {
        return false;
    }
 
    out.flags(outytpe);
    out.precision(prec);
 
    if (internal::is_same<Scalar, std::complex<float >>::value
            || internal::is_same<Scalar, std::complex<double >>::value)
    {
        out << "%%MatrixMarket matrix array complex general\n";
    }
    else
    {
        out << "%%MatrixMarket matrix array real general\n";
    }
 
    out << vec.size() << " " << 1 << "\n";
 
    for (label i = 0; i < vec.size(); i++)
    {
        internal::putDenseElt(vec(i), out);
    }
 
    out.close();
    return true;
}
 
template<typename VectorType>
Matrix<VectorType, Dynamic, Dynamic> SliceFromTensor(
    Eigen::Tensor<VectorType, 3>& tensor, label dim, label index1)
{
    Eigen::Tensor<VectorType, 2> t2 = tensor.chip(index1, dim);
    Matrix<VectorType, Dynamic, Dynamic> m = Eigen::Map<Eigen::Matrix<
        VectorType,           /* scalar element type */
        Eigen::Dynamic,  /* num_rows is a run-time value */
        Eigen::Dynamic,  /* num_cols is a run-time value */
        Eigen::ColMajor  /* tensorflow::Tensor is always row-major */ >> (
            t2.data(),  /* ptr to data */
            t2.dimensions()[0],           /* num_rows */
            t2.dimensions()[1]            /* num_cols */);
    return m;
}
 
template<typename VectorType>
Matrix<VectorType, Dynamic, Dynamic> SliceFromTensor(
    const Eigen::Tensor<VectorType, 3>& tensor, label dim, label index1)
{
    Eigen::Tensor<VectorType, 2> t2 = tensor.chip(index1, dim);
    Matrix<VectorType, Dynamic, Dynamic> m = Eigen::Map<Eigen::Matrix<
        VectorType,           /* scalar element type */
        Eigen::Dynamic,  /* num_rows is a run-time value */
        Eigen::Dynamic,  /* num_cols is a run-time value */
        Eigen::ColMajor  /* tensorflow::Tensor is always row-major */ >> (
            t2.data(),  /* ptr to data */
            t2.dimensions()[0],           /* num_rows */
            t2.dimensions()[1]            /* num_cols */);
    return m;
}
 
}
 
 
 
 
 
#endif